输卵管是卵子从卵巢运输到子宫的主要通道，也是受精发生的场所。如果女性有输卵管炎症、堵塞或损伤，哪怕通过试管婴儿技术成功获得了胚胎，这些异常也可能会干扰胚胎正常移行至子宫的过程。
胚胎可能在输卵管中着床，进一步引发引发宫外孕。在实施胚胎移植时，虽然医生会尽力将胚胎放置在子宫腔内的合适位置，但导源于解剖结构的复杂性以及操作上的细微差异，有时胚胎可能会被放置在不理想的位置，靠近输卵管开口处。这种情况下，胚胎有可能顺着输卵管移动并在那里着床。某些子宫内部环境的问题也可能增加宫外孕的风险。例如，子宫内膜过薄或者存在肌瘤等病变，都可能造成胚胎难以顺利着床于子宫内膜，转而选择其他部位如输卵管着床点。
人体免疫系统的功能之一就是识别并清除外来物质。对于一些接受试管婴儿治疗的女性来说，她们的身体可能会对移植进来的胚胎产生过度敏感的免疫反应，影响胚胎正常的发育路径，进而增加宫外孕的可能性。胚胎自身的遗传或染色体缺陷也可能是宫外孕的一个潜在因素。当胚胎携带某些特定类型的基因突变或染色体数目异常时，它的发展方向可能会偏离正常轨道，据我们看法造成异位妊娠。在进行试管婴儿过程中，患者通常需要接受一系列激素治疗来促进排卵和准备子宫内膜。
反过来说，激素水平的剧烈变化可能会影响子宫和输卵管的功能，使得胚胎更容易进入输卵管并在那里停留下来。年龄较大的女性进行试管婴儿时，其生殖器官的老化程度较高，输卵管功能减弱，这增加了宫外孕的风险。补充说明，如果患者曾经有过盆腔手术、流产或其他妇科疾病的历史，那么宫外孕的概率也会相应提高。