第三代试管婴儿主要是用于有特定遗传病史的家庭，或者有反复失败、胎停、流产等不明原因的患者。对于健康、没有任何遗传病或其他不良病史的女性来说，做第三代试管婴儿可能没有必要，因为它的主要优势是检测胚胎的基因和染色体异常，而大多数普通女性并不需要这种检查。第三代试管婴儿比常规的第二代试管婴儿要贵得多。除去取卵、受精、培养等基础流程外，还需进行胚胎的基因筛查和植入前的遗传诊断。
基因筛查和诊断增加了额外的费用，而且未必对所有人都有必要。正因如此，如果没有明确的医学指征，医生会认为其费用不具备性价比。第三代试管婴儿包括胚胎的基因筛查和胚胎遗传学诊断。这些步骤涉及对胚胎进行活细胞取样，虽然技术已经成熟，但取样本身存在一定的风险，可能衍生出胚胎损伤、胚胎丢失，甚至影响胚胎发育。PGS/PGD可以筛查出一些基因或染色体异常的胚胎，但并不是所有的基因变异都代表着重大疾病。有些基因变异可能不会影响胎儿的健康，或者在胚胎的发育过程中，存在修复的可能。
所以，对于一些不必要的筛查结果，可能会给夫妻双方带来不必要的心理压力，甚至影响到治疗的决策。对于一些高龄女性来说，卵子质量本身可能存在问题，胚胎的基因筛查只能帮助发现染色体异常和遗传性疾病，但并不能解决卵子质量差引发的着床率低或者流产问题。基于此因，在这种情况下，生殖科医生可能会建议通过其他途径提高成功率，如使用卵子特需、加强促排等方式，而不是一开始就进行第三代试管婴儿。虽然第三代试管婴儿的技术非常先进，但并不是每一位患者都能从中获益。
例如，PGS和PGD筛查并不适用于所有类型的基因病或染色体异常，有些情况无法通过该技术筛查出来。附带一提，即便筛查出了健康胚胎，移植后也不能百分百保证怀孕成功率，依然可能面临流产、胎停等问题。